En septiembre de 1978, inicio en la Universidad Autónoma de Tlaxcala el Facultad de Ingeniería y Química, con el propósito de cubrir el campo profesional correspondiente a las actividades químicas y satisfacer las necesidades de profesionales en el Estado de Tlaxcala, en la industria petroquímica, automotriz, alimentos, tratamientos de aguas, contaminación, farmacéuticos, así como la investigación científica.

Se creó un plan de estudios distribuidos en 10 semestres, siendo los cuatro primeros comunes, y del quinto al décimo semestre se derivan las especialidades: Química Industrial e Ingeniería Química. El día 13 de diciembre de 1984 es aprobado por el H. Consejo Universitario, el plan de estudios para dos licenciaturas: Ingeniería Química y Química Industrial. Con el impulso que se da a la industria en el estado, surge la necesidad de ampliar el campo de enseñanza dentro del Facultad, dando inicio una nueva etapa en él. El 30 de agosto de 1985 fué autorizado por el H. Consejo Universitario, los planes y programas de estudio de otras dos licenciaturas, Ingeniería Mecánica e Ingeniería en Computación, iniciando sus actividades académicas en el mes de septiembre del mismo año.

El 30 de julio de 1987 fue aprobado por el H. Consejo Universitario, la Licenciatura en Matemáticas Aplicadas. Por aprobación del H. Consejo se cambia la denominación del Facultad de Ingeniería y Tecnología por el de Ciencias Básicas, Ingeniería y Tecnología. En junio 1995, el H. Consejo Universitario aprueba la Maestría en Ingeniería Química, e inicia sus actividades docentes con 12 estudiantes. En 1996 el H. Consejo Universitario toma la decisión de aprobar dos Maestrías: Ciencias de la Calidad e Ingeniería en Computación, con el fin de ofrecer educación superior a nivel posgrado y fomentar la formación de investigadores en las áreas de las ciencias químicas y computacionales. Durante el mes de junio de 1998 se realizó la actualización de los planes de estudio de las licenciaturas de Ingeniería Química e Ingeniería en Computación.

En el ciclo escolar 1998-1999 la Facultad cuenta con 967 alumnos de los cuales 920 corresponden al nivel licenciatura, y 47 al de posgrado. Actualmente se imparten en esta Facultad Académica los siguientes posgrados: Maestría en Ciencias en Ingeniería Química, Maestría en Ciencias de la Calidad, y Maestría en Ciencias en Ingeniería en Computación.